鹵素燈是在石英燈殼內充入鹵族元素溴或磺, 充溴的叫溴鎢燈, 能發出強烈的連續可見光譜, 它的體積小, 重量輕, 價格便宜, 適用不需要紫外線激發的熒光顯微鏡中作激發光源。

在選擇光源時, 還需注意到弧光尺寸, 即光源發光區的大小。如汞燈50W 弧光尺寸為110×013mm ,200W 為212×015mm , 而100W 為0125×0125mm。能否正好充滿系統的入瞳使光能充分利用, 對一個熒光顯微鏡, 各種倍率的物鏡“光能”皆可充分有效的利用是一個值得關注的指標。在熒光顯微鏡設計中, 光源選擇在總體設計中是重要的, 它決定了儀器的使用范圍和成本, 也反映了儀器的檔次。實驗室以上的顯微鏡應以汞燈為主光源, 簡易型() 的顯微鏡則以鹵素燈為主光源。

光源選擇其次要考慮它的功率, 選用大功率還是低瓦數的燈泡? 原則上講應盡可能選用低瓦數的光源, 無疑這對結構設計和成本是有利的。但過低的瓦數在激發時不能激發出熒光或發出熒光不穩定, 就不能使用了。而能否激發出熒光又與整個成像系統的光能利用相關, 能充分合理有效地利用光能, 瓦數就可以降下來, 單純地追求大功率光源作為熒光檢測并不可取, 還會引發熒光的衰減和猝滅。當前供應的落射熒光顯微鏡僅配備100W 的汞燈或氙燈和鹵素燈。